Implementering av Enterprise Architecture (EA) kan möta flera utmaningar. En vanlig svårighet är bristande ledningsstöd och engagemang, vilket gör det svårt att få resurser och mandat för EA-arbetet. EA kan uppfattas som teoretiskt och abstrakt, vilket leder till låg förståelse och acceptans bland verksamhets- och IT-personal. Komplexiteten i att kartlägga hela organisationens processer, system och teknologier kan vara överväldigande och tidskrävande. Brist på tydliga mål och koppling till affärsstrategi kan göra att EA inte upplevs som relevant. Dessutom kan organisatoriska silos och motstånd mot förändring försvåra samarbete och informationsdelning. För att övervinna dessa utmaningar är det viktigt att kommunicera värdet av EA, involvera nyckelintressenter, börja i liten skala och successivt bygga ut arkitekturen. Användning av etablerade ramverk och verktyg kan också underlätta arbetet.